Glanzpunkt des Naturkundemuseums Bamberg ist das Naturalienkabinett des Fürstbischofs Franz Ludwig von Erthal, ein historisch einmaliger Vogelsaal aus dem Jahr 1810.

Als "Museum im Museum" begeistert dieser im frühklassizistischen Stil eingerichtete Raum. Seit 2010 erstrahlt der Vogelsaal - einzigartig in ganz Europa in Ausstattung und Schönheit - wieder in neuem Glanz. Das alte Parkett wurde wieder freigelegt, eine neue Beleuchtung setzt die Ausstellungsstücke in Szene. Die Innenseiten der edlen Vitrinen mit den Exponaten wurden azuritblau gefärbt und strahlen eine ganz neuartige Frische aus. Durch die Entfernung von Dubletten konnte die Museumsleitung Platz für größere Vielfalt schaffen. Außerdem wurden die Ausstellungsstücke neu beschriftet, da viele Bezeichnungen nicht mehr dem neuesten Forschungsstand entsprachen.
Der Saal ist ein einzigartiges Zeugnis klassizistischer Architektur. Anfang des 19. Jahrhunderts nannte man die 1810 eröffnete Bamberger Naturaliensammlung mit denen von London und Paris in einem Atemzug.

Das Naturkundemuseum als solches beschäftigt sich mit verschiedenen Bereichen von der Geologie bis zur Zoologie. Welche Prachtstücke wachsen im Bauch der Erde und wie entstehen sie? In der "Schatzkammer der Erde", einem abgedunkelten Raum, können Sie sich vom Glitzern der Kristalle verzaubern lassen und mehr über ihre Entstehung erfahren. Vom Erdkern bis zum Erdboden geht es im Bereich "Dynamische Erde", wo Leuchtbilder, Modelle und Exponate den Aufbau der Erde darstellen. Auch die geologische Geschichte der Bamberger Landschaft und die Bedeutung des Erdbodens als Lebensgrundlage werden erläutert. Aus der Urzeit Frankens stammen die zahlreichen Versteinerungen. Doch Vorsicht: Nicht alle Fossilien sind echt, wie die "Würzburger Lügensteine" als die berühmtesten Fossilienfälschungen beweisen. Die Vielfalt der Tierwelt entdeckt man schließlich in verschiedenen Dioramen mit verdrängten Arten wie Wolf und Braunbär oder dem bereits ausgestorbenen Quagga-Zebra. Im neu eingerichteten Multimediaraum wird stündlich eine spannende Multivision zum Thema "Biosphäre" gezeigt.