Glanzpunkt des Naturkundemuseums Bamberg ist das Naturalienkabinett des Fürstbischofs Franz Ludwig von Erthal, ein historisch einmaliger Vogelsaal aus dem Jahr 1810.

Das Museum beherbergt einen historischen Ausstellungssaal, der 1791 von Fürstbischof Franz Ludwig von Erthal gegründet wurde. Die klassizistische Raumschöpfung, in der Tausende bunte Tierpräparate präsentiert werden, gilt weltweit als einer der schönsten Säle dieser Art. Als historisches Naturalienkabinett ist er ein "Museum im Museum".

Unter den modernen Abteilungen zu regionalen naturkundlichen Themen ist der Multimediaraum hervorzuheben, in dem stündlich eine spannende Multivision zum Thema "Biosphäre" gezeigt wird.