Erst seit 1808 finden in der wunderschönen Kirche auf dem Stephansberg evangelische Gottesdienste statt. Die Gründung durch Kaiserin Kunigunde vor über 1000 Jahren, die mehrfachen Umbauten im Barock und schließlich die Säkularisierung und Übergabe des Bauwerks an die Evangelische Kirche im Jahr 1807 sind wichtige Wegmarken in der langen Geschichte des Bauwerks.
Die Tradition der Kirchenmusik an St. Stephan reicht bis Mitte des 19. Jahrhunderts zurück. Seit 1859 gibt es einen Chor, 1946 gründete Stadtkantor Günther Schubert die heute bestehende Kantorei St. Stephan. Sie hat sich in der Folgezeit unter KMD Werner Krahnert, KMD Ingrid Kasper und dem jetzigen Dekanatskantor Michael Goos zu einem Oratorienchor mit überregionaler Bedeutung entwickelt. Alljährlich stehen mehrere oratorische Aufführungen auf dem Programm der Kantorei. Mitglieder der Bamberger Symphoniker unterstützen die Auftritte des Chores regelmäßig als Orchester. Als Gemeindechor bereichert die Kantorei zudem die Gottesdienste in St. Stephan bei zahlreichen Gelegenheiten musikalisch.
Zwei Kinderchöre – die Stephansspatzen und der Kinderchor – begeistern schon die Jüngsten für den Chorgesang und bereichern das musikalische Leben der Gemeinde.
Der Posaunenchor St. Stephan unter Leitung von Walter Forchert ist das sicht- und hörbare Zeichen der unverwechselbaren Prägung der evangelischen Kirche. Einen Blick über den musikalischen Tellerrand wagt der Chor „CrossOver“ unter der Leitung von Marco Schneider.
Seit 2008 ist die Mühleisen-Orgel in St. Stephan eines der am meisten fotografierten Highlights der Kirche. Hinter dem barocken Prospekt verbirgt sich ein klanggewaltiges, modernes Konzert-Instrument, auf dem Dekanatskantor Michael Goos regelmäßig in unzähligen Farben konzertiert und die Gottesdienste ausgestaltet.
Darüber hinaus bietet der Stephanshof wunderbare Probenmöglichkeiten für die Gemeindegruppen von St. Stephan und darüber hinaus – mit der „Musica Canterey Bamberg e.V.“ und dem „musica-viva-chor bamberg“ sind Alte wie Neue Musik vertreten und prägen das quirlige Musik-Leben rund um St. Stephan.